生物质燃料锅炉的运行与燃煤锅炉的运行一样，根据不同的锅炉规格和型号设置不同的燃烧设备。但由于生物质颗粒燃料是是经过压缩成型的，水分大、密度高、挥发分溢出速度慢，不易着火燃烧，容易冒黑烟。所以要保证生物质燃料燃烧完全要做到几下几个方面：

1、要使燃烧设备与所用燃料相适应；

2、要从提高炉膛温度、改善燃烧来减少不完全损失；

3、要从燃料空气比例，煤层厚度，炉排速度，炉膛负压和过量空气系数等来进行调节和控制；

4、在运行中要加强检查、维护和保养。